Przygotowanie gry Azul: Witraże Sintry przypomina wcześniejsze części serii. Na środku stołu umieszczamy odpowiednią liczbę warsztatów – zależy ona od liczby graczy. Na każdym z warsztatów kładziemy po cztery kafelki szkła. Gra składa się z sześciu rund, a w każdej z nich dodatkowo punktuje inny kolor kafelka, losowany podczas przygotowania rozgrywki.

Jedną z nowości jest modułowa planszetka gracza. Choć wszyscy gracze dysponują identycznymi segmentami kwater witrażowych, ich układ jest losowy, a każda plansza może być obracana dowolną stroną. Dzięki temu każdy gracz rozpoczyna rozgrywkę z innym układem startowym.

Przebieg gry wygląda znajomo. Kafelki pobieramy zgodnie ze standardowymi zasadami: wybieramy wszystkie kafelki w jednym kolorze z danego warsztatu lub ze środka stołu. Wybór ze środka powoduje jednak przesunięcie znacznika na torze stłuczonego szkła, co skutkuje punktami ujemnymi. 

Pobrane kafelki od razu układamy na naszych witrażach. Miejsce, w którym możemy je umieścić, określa pionek witrażysty – możemy kłaść kafelki pod nim lub na prawo od niego, ale nigdy na lewo. Jeśli nie zmieścimy wszystkich kafelków w danej kwaterze, nadmiarowe kafelki zostają stłuczone, co również skutkuje punktami ujemnymi.

Po całkowitym wypełnieniu kwatery umieszczamy jeden kafelek szkła w odpowiadającej jej kolumnie na planszetce pałacu, a kwaterę obracamy na drugą stronę. Gdy po raz drugi wypełnimy kwaterę z tego samego rzędu, zostaje ona usunięta z gry. Punktacja obejmuje zarówno premiowany w danej rundzie kolor, jak i sumę wartości w kolumnie, w której umieściliśmy nowy kafelek. Dodatkowe punkty zdobywamy za kafelki znajdujące się na prawo od niego. Zamiast pobierania kafelków możemy również przesunąć pionek witrażysty nad skrajnie lewą kwaterę, co daje większą elastyczność w planowaniu ruchów.

Punktacja końcowa następuje po sześciu rundach i różni się w zależności od wybranej strony planszetki pałacu. W obu wariantach każdy gracz otrzymuje 1 punkt za każde trzy kafelki pozostałe na planszy oraz traci punkty w zależności od pozycji znacznika na torze stłuczonego szkła.

• Strona A pałacu: punktujemy za ornamenty – zdobywamy 10 punktów za pełne otoczenie ornamentu czterema ramami, 6 punktów za trzy ramy, 3 punkty za dwie ramy, a pojedynczy kafelek nie daje punktów.
• Strona B pałacu: liczymy całkowicie przeszklone okna (czyli kolumny z dwoma uzupełnionymi polami ram okiennych), wybieramy jeden kolor i sprawdzamy, w ilu oknach się pojawia. Wynik mnożymy przez liczbę całkowicie przeszklonych okien.