Instrukcja jest bardzo krótka i prosta! Gracze w Ubongo Junior 3D mają 90 sekund na utworzenie jak najwyższej wieży oraz zebranie jak najwięcej klejnotów w ciągu sześciu rund.

Na początku ustalany jest wspólnie z graczami poziom na jakim będzie toczona rozgrywka. Każdemu odpowiada kolor od niebieskiego dla początkujących, przez zielony dla znawców, żółty dla ekspertów oraz czerwony dla mistrzów. W zależności od liczby graczy dobiera się odpowiednią liczbę plansz w ustalonym kolorze tworząc stos rewersem do góry. Każdy z graczy otrzymuje jednakowy zestaw 8 klocków, a pierwszy gracz dodatkowo klepsydrę. Wszyscy ciągną kartę ze stosu i kiedy są gotowi, gracz rozpoczynający krzyczy „Ubongo” przekręcając w tym samym czasie klepsydrę. Od teraz w ciągu 90 sekund każdy z graczy musi uzupełnić klockami białe pola na swoich planszach – klocki nie mogą wychodzić poza granice pola. Po zapełnieniu wszystkich jasnych pól staramy się ułożyć jak najwyższą wieżę z pozostałych klocków. Budowanie kończy się wraz z przesypaniem się całego piasku w klepsydrze. W tym momencie do gry wkracza kolorowa żyrafa służąca do pomiaru utworzonych przez nas wież. W zależności od ich wysokości gracze zdobywają od 1 do 5 klejnotów. Następnie każdy odkłada swoją planszę, a kolejną turę rozpoczyna następny gracz i tak przez 6 rund. Na koniec podliczane są wszystkie zebrane klejnoty i wygrywa ten, który zebrał ich najwięcej.